Les 19 et 20 juin, le commandement militaire général transfère son siège de Lille à Compiègne où il reste jusqu'à la fin du mois de juin 1940. Pendant cette brève période, Blaskovitz a constitué deux états-majors : un état-major militaire et un état-major pour les affaires civiles, chargé également des questions économiques.
Après l'armistice, la première administration militaire disparaît. En août 1940, le nouveau chef de l'administration militaire s'appelle Alfred Streccius. Tandis que l'OKH s'installe provisoirement à Fontainebleau, l'administration proprement dite s'établit à Paris, à l'hôtel Majestic, avenue Kléber. Le 25 octobre 1940, Streccius est remplacé par Otto Von Stulpnagel (dont le cousin, Karl-Heinrich, dirigeait la commission allemande à Wiesbaden) et prend le titre de gouverneur militaire en France, Militärbefehlshaber in Frankreich (MBF).
Dans les départements, le MBF est relayé par les Feldkommandanturen dont les services sont calqués sur ceux du MBF. Enfin il existe dans les arrondissements des Kreiskommandanturen parfois subdivisées en Orstkommandanturen dans les cantons qui disparaissent à l'automne 1940.
Les structures de l'administration militaire allemande dans l'Oise se sont modifiées à plusieurs reprises au cours de l'Occupation. En juin 1940, l'Oise est incluse dans la zone d'administration militaire A. Une Feldkommandantur est installée à Amiens (elle reçoit le n° 610), une autre à Beauvais (n° 580). La Feldkommandantur 580 est subdivisée en trois Kreiskommandanturen : celle de Compiègne (n° 638), celle de Senlis (n° 686 qui est supprimée le 5 janvier 1942), et celle de Beauvais (n° 804). Dans tous les cas, c'est la Feldkommandantur, dirigée par le colonel Von Alberti, qui fait le lien entre l'hôtel Majestic et les autorités françaises locales, notamment préfectorales. Le colonel Von Alberti dispose d'un certain nombre de conseillers dont il n'est pas très aisé de définir la fonction, ni le champ d'intervention (Dr Piedzouka, Dr Evers) d'autant qu'ils ont bénéficié d'une délégation de pouvoir du colonel Von Alberti.
En mars 1941, cette organisation est transformée : la Feldkommandantur de Beauvais disparaît, Von Alberti part s'installer à Amiens, suivi de ses conseillers (Feldkommandantur Amiens-Beauvais n° 580). Beauvais n'est plus qu'une Kreiskommandantur (n° 638) entre les mains de Ferdinand Meyer, né en 1893, directeur de sociétés dans le civil, semble-t-il. Les deux autres Kreiskommandanturen sont maintenues.
Pourquoi cette réorganisation? Probablement parce que les Allemands ont pris conscience de la proximité des deux villes, Amiens et Beauvais (soixante kilomètres les séparent) et ont probablement voulu réaliser des économies de fonctionnement. Quoi qu'il en soit, jusqu'en juin 1942, le nouveau pôle de décision s'intitule "Feldkommandantur Amiens-Beauvais 580" comme l'attestent les circulaires allemandes publiées dans les Actes administratifs du département de l'Oise.