Les premiers juifs arrivent dans la nuit du 12 au 13 décembre 1941 au camp de Royallieu. Il s'agit de 1 043 personnes arrêtées le 12 décembre à Paris. Ils sont internés dans le camp C (juif). Du 13 décembre au 2 avril 1942, trente-deux sont morts de misère physiologique dans le camp.
Le 14 décembre, huit personnalités juives sont transférées à Royallieu.
Le 27 janvier 1942, cinquante "volontaires", désignés par Théo Dannecker, chargé de la sous-section "juifs assimilés" du SD, pour des "travaux agricoles", sont en fait dirigés sur Compiègne.
Un interné a laissé une description des conditions de vie dans le camp à l'époque :
"A partir de mi-janvier, l'infirmerie connut des jours sinistres. L'hiver était exceptionnellement rigoureux. Avec des alternatives de neige, le froid se maintint pendant de longues périodes entre 10 et 18 degrés au dessous de zéro... Les deux salles (d'infirmerie), de tous temps insuffisantes, étaient de jour en jour plus encombrées malgré des évacuations presque quotidiennes sur l'hôpital de Compiègne..."
Le 6 février 1942, 48 internés de Drancy sont transférés à Compiègne ; le 9 mars, une centaine de vieillards et de malades du camp sont transportés à Drancy. Les échanges entre les deux camps vont ainsi se multiplier quand ils ne se réduisent pas à des allers et retours pour les mêmes personnes.
Le 11 mars 1942, l'expert des questions juives de l'ambassade allemande à Paris fait savoir à ses supérieurs que Heydrich a obtenu un train pour déporter, le 23 mars, les 1 000 juifs de Compiègne. Le 12 mars, Dannecker visite le camp de Compiègne avec une commission militaire allemande.
Le 27 mars 1942, le premier convoi quitte la France au départ de la gare du Bourget-Drancy à 17 h avec la moitié du contingent prévu, 565. Le reste est embarqué à la gare de Compiègne, d'où le train repart le même jour avec 1 112 hommes plus trente-quatre juifs yougoslaves. A la libération des camps, il n'y a que vingt-trois survivants.
Le 29 avril 1942, 784 personnes venant de Drancy arrivent à Compiègne. 751 partent dans le deuxième convoi, celui du 5 juin 1942 qui compte au total 1 000 hommes. Il n'y a que quarante-et-un survivants à la libération du camp.
Par la suite, les convois de déportés raciaux partent de Drancy, Pithiviers, Beaune-la-Rolande ou d'autres lieux, mais plus de Compiègne.